По ходатайству митрополита Черниговского и Нежинского Антония (Вакарика), на основании решения Черниговского облисполкома от 31 декабря 1991 года № 321 "О передаче памятника архитектуры Республиканского значения сооружений Елецкого Успенского монастыря в г. Чернигове Епархиальному Управлению Украинской Православной Церкви" Черниговский Государственный архитектурно-исторический заповедник 20 августа 1992 года передал в бесплатное пользование Украинской Православной Церкви все здания Елецкого монастыря.
Открытие Елецкой обители было великой радостью для всех верующих Чернигова. Монахини, вынужденные скитаться по миру после закрытия в хрущевские времена Черниговского Свято-Троицкого монастыря (1962 г.), встречали этот день с особым душевным трепетом. На Преображение Господне 19 августа 1992 года в Петро-Павловском храме состоялось первое, после длительного перерыва, церковное богослужение. У Престола Вседержителя вновь вознеслась христианская молитва. Немногочисленные тогда еще сестры-монахини и все верующие горячо молились, взывая к Пресвятой Богородице о помощи в возрождении православной святыни.
Вскоре настоятельницей Елецкого монастыря была назначена 38-летняя Клавдия Ивановна Сорока (бывшая послушница Красногорского Свято-Покровского женского монастыря г. Золотоноши Черкасской обл.), постриженная в монашество с именем Феодосия.
Восстановление началось с вырубки зарослей по всей территории Елецкой обители. Усердием благочинной, инокини Анны, для постоянных церковных богослужений была оборудована Петро-Павловская церковь, в которой до открытия монастыря находился спортивный зал, приобретена церковная утварь. Рядом с домиком св. Феодосия на небольшом земельном участке посажен фруктовый сад, разбиты небольшие овощные грядки.
До середины 1996 года активные ремонтно-строительные работы в Елецком Свято-Успенском монастыре не проводились. Молодость и неопытность игумений не позволили ей правильно организовать жизнь и работу в монастыре. (Многие сестры под ее давлением покинули обитель). Решением заседания Священного Синода Украинской Православной Церкви от 27 июля 1996 года игумению Феодосию освободили от должности настоятельницы Елецкого монастыря. На ее место была назначена монахиня Амвросия (Иваненко Анна Павловна), с возведением в сан игумений и возложением наперсного креста.
Игумения Амвросия начала свой иноческий путь еще в 1943 году, когда она впервые в Свято-Троицком женском монастыре встретила своего духовного наставника - отца Лаврентия (Проскуру). "Вот умница, что пришла! - сказал Батюшка Лаврентий, увидев 17-летнюю Аню, - походишь, походишь и наша будешь". Предсказание святого Старца сбылось.
Стоял теплый солнечный сентябрьский день 1943 года. Юная Анна со сверстницей, преодолев 45 км, приближалась к Чернигову. Множество подвод и пеших двигалось по направлению к городу. Вдруг небо разрезал зловещий гул, шестнадцать немецких самолетов-бомбардировщиков стремительно приближались к Чернигову. Через несколько секунд послышался свист падающих бомб, под взрывами застонала земля. Тогда от налета вражеской авиации Чернигов особенно сильно пострадал: от центра города и до казарменного участка на Котах не осталось ни одного целого здания, лишь руины, от которых поднимались огромные клубы дыма и пыли.
Девушки добрались до Троицкого собора и в подвалах его обнаружили прятавшихся от бомбежки инокинь. С тех пор жила среди насельниц Черниговского Свято-Троицкого женского монастыря будущая игумения. Участница и ветеран Великой Отечественной войны, инокиня Анна с сестрами святой обители в трудное военное время переправляли раненых бойцов с вокзала в госпиталь, располагавшийся на территории нынешней Горбольницы, помогали их выхаживать, свято исполняя долг сестер милосердия. Одновременно насельницы монастыря своими силами восстанавливали святую обитель. Инокиня Анна трудилась на тяжелых монастырских послушаниях. Никакие ремонтно-строительные работы в монастыре не проводились без ее участия, так как в строительстве она отличалась особым мастерством.
После закрытия в 1962 году Свято-Троицкого монастыря Анна Павловна семнадцать лет работала в больнице. В то же время, будучи прекрасной художницей, продолжала писать и реставрировать иконы. Сбылось еще одно пророчество Батюшки Лаврентия об инокине Анне: "Когда лежит на дороге палка - кривая, суковатая, то никому она не нужна. Ее все переступают или обходят. А когда хороший столяр поднимет ее, даст соответствующую обработку, тогда каждый хотел бы ее взять". И действительно, знакомые, близкие, соседи часто обращались к ней за помощью с различными житейскими проблемами. Она была всем нужна.
Как только открылся Елецкий монастырь, матушка в числе первых сестер пришла его восстанавливать, и была назначена на должность благочинной. В 1993 году она приняла монашеский постриг с наречением имени Амвросия. Когда в августе 1994 года матушка была вынуждена уйти из обители, все ремонтные работы прекратились. Восстановление монастыря продолжилось только после того, как она вернулась, но уже в качестве настоятельницы, согласно решению Священного Синода УПЦ от 27 июля 1996 года.
Деятельностью опытной и энергичной игумений Амвросии (Иваненко) открывается новая эпоха в возрождении древней Черниговской святыни. Восстановление Елецкого монастыря началось с колокольни, которая к концу лета того же года была отреставрирована. Когда прокладывали по монастырской территории канализационные трубы, обнаружили гроб (захоронение, если судить по материи, чудесным образом сохранившейся в нем, очевидно, XVIII века). Чтобы не нарушить покой почившего подвижника, прокладку труб пришлось сместить в сторону.
В следующем 1997 году были оборудованы мастерские: 1) швейная, где шьют монашескую одежду, облачения для священнослужителей; 2) золотошвейная, в которой сестры-мастерицы совершенствуются в древнем искусстве шитья золотом: изготавливают митры, скрижали, иконы, закладки для Евангелия и других богослужебных книг; 3) иконописная. В обустроенной просфорне сестры выполняют трудное, но почетное послушание просфорниц.
В Елецкой обители сейчас живет более 40 насельниц. Призванные на служение Богу, все они несут посильные послушания. Главнейшее делание монашествующих - молитва - совершается в обители постоянно и ежедневно. В 6 часов утра начинается общая молитва - правило, потом - Божественная литургия, во время которой храм всегда наполнен верующими-прихожанами. После службы и утренней трапезы насельницы расходятся на послушания - определенный вид монастырской работы. Без молитвы и благословения игумений в монастыре не совершается ни одно дело, поэтому труженицам всегда сопутствует благодать Божия. Сестры трудятся в церкви, в трапезной, в мастерских, на просфорне, на огороде, на хоздворе, где имеется небольшое подсобное хозяйство. Одним из самых почетных послушаний в обители является клиросное. Батюшка Лаврентий говорил, что Матерь Божия особенно любит певчих. У всех, кто поступает в монастырь, проверяют музыкальный слух, после чего способных обучают пению и чтению на клиросе, а наиболее одаренных направляют учиться на регентов-псаломщиков в Черниговское Епархиальное духовное училище. Заканчивается день в монастыре вечерним богослужением в храме и правилом. Но никогда не прерывается молитва в обители. Сестры, попеременно сменяя друг друга, круглосуточно читают Неусыпаемую Псалтирь: льется тихая молитва к Богу за живых и умерших, за обитель, град, страну, за весь мир.
Милостью Господней и заступничеством Пресвятой Богородицы последние два года в монастыре идут планомерные восстановительные работы. Иноческая обитель на глазах возрождается. Заботами настоятельницы к престольному празднику 12 июля 1997 года была произведена наружная реставрация Петро-Павловской церкви. Проведен комплекс реставрационных работ по восстановлению разрушенных восточных келий: они капитально отремонтированы как снаружи, так и внутри. К концу лета сестры уже смогли в них вселиться.
После открытия монастыря в юго-западной стороне усадьбы, на склоне Лесковицкой горы, был разбит небольшой огородик. Ограда здесь была разрушена в советское время (говорят, потрудились местные жители во главе с комсомольским активом города). Восстановить кирпичную ограду XVII века со стороны Пролетарской улицы не было возможности, но несколько железобетонных плит частично решили эту проблему. Летом того же года начата основная работа по восстановлению главного монастырского храма - Успенского собора.
В Петро-Павловском храме, рядом с Елецкой иконой Божией Матери, был помещен ковчежец с частицами мощей Черниговских угодников Божиих: святителя Феодосия (Углицкого) и преподобного Лаврентия (Проскуры). По благословению митрополита Антония еще в 1996 году заведен особый обычай празднования памяти св. Феодосия Черниговского, всея Руси чудотворца, с торжественным обнесением мощей по святым храмам, где угодник Божий служил в земной жизни. Таким образом, 7 сентября 1997 года святые мощи из Свято-Троицкого кафедрального собора крестным ходом были перенесены в древний Спасо-Преображенский собор, где и пребывали всю неделю. 14 сентября крестный ход из Спасского собора направился к Елецкому монастырю, священнослужители и насельницы которого во главе с игуменией Амвросией, с крестом и хоругвями, при пении тропаря, кондака и величания любимому святителю, вышли ему навстречу.
Целую неделю днем и ночью в Петро-Павловской церкви у мощей св. Феодосия народ пребывал в молитвенном песнопении. Все это время после богослужения непрестанно читались акафисты. А 21 сентября, на Рождество Пресвятой Богородицы, накануне празднования обретения и перенесения мощей Феодосия Черниговского, после Божественной литургии был отслужен последний акафист святителю, после чего торжественным крестным ходом во главе с владыкой Антонием, при стечении множества народа, многоцелебные мощи покровителя земли Черниговской были перенесены на прежнее место, в Троицкий собор. Радостью светились одухотворенные лица верующих, благоговейно шествующих за святыней по улицам родного города. Радости этой не было границ, ибо нетленные мощи святого - великий дар Божий граду Чернигову - залог всеобщего воскресения и крепкое подкрепление в уповании на силу Господню, являющую таких светильников Церкви, как св. Феодосии (Углицкий).
О Божественной благодати, исходящей от мощей святых угодников Божиих, свидетельствует такой случай. Однажды матушка игумения сопровождала группу паломников из Молдовы, среди которых было много одержимых. Когда подошли к Успенскому собору, некоторые из них не могли войти в него. А когда стали приближаться к месту перед крещальней, одержимые особенно сильно противились, ругались, падали на пол, качались и кричали: "Здесь мощи! Я не могу сюда подойти! Здесь мощи!". Из письменных источников известно, что в Елецком Успенском соборе погребено много благочестивых князей, настоятелей, благотворителей, потрудившихся во славу Божию. Вот их-то, наверное, и трепещут бесы.
Необычайное торжество состоялось в обители по случаю пребывания в ней образа Божией Матери "Призри на смирение", чудесно отобразившегося на стекле в 1993 году в Киевском Свято-Введенском монастыре. Невозможно описать чувства верующих, которые 9 августа 1998 года встречали чудотворную икону, доставленную в Чернигов настоятелем церквей Елецкого монастыря игуменом Романом. Целую неделю в Петро-Павловский храм непрерывным потоком шли богомольцы, желающие поклониться святыне. Сама Царица Небесная в те дни посетила и благословила возрождающуюся обитель. Многие жители города, с верой приходившие поклониться чудотворному образу Богородицы, получали помощь в житейских нуждах, духовное подкрепление и исцеление, о чем потом рассказывали с радостью. Прощание с чудотворной иконой состоялось 16 августа.
К концу лета 1998 года были закончены основные ремонтно-восстановительные работы в Елецком Успенском соборе, который долгие годы терпеливо ожидал своего обновления. Эхом войны отозвался взрыв гранаты, найденной в храме при устройстве пола и обезвреженной саперами в безопасном месте. Совсем недавно казалось, что возродить эту поруганную святыню невозможно. Но мановением всесильной десницы Божией, величественный собор - памятник веры и благочестия наших предков - вновь ожил. И сегодня с полным основанием можно повторить слова знаменитого Елецкого архимандрита Иоанникия Голятовского, сказанные им более трехсот лет назад: "Теперь в церкве Елецкой лисы язвин и птицы небесные гнезд не имеют, але уже мает Сын Человеческий где главу подклонити, Христос Бог наш, и теперь мешкаючи в церкве Елецкой, Христос мовит: "Се покой мой в век века, зде вселюся яко изволих и" (Псалом 131)".
Восстановленный Успенский собор был вновь освящен 26 августа 1998 года Преосвященным Амвросием, епископом Новгород-Северским Праздничную литургию в день Успения Пресвятой Богородицы 28 августа, в присутствии множества верующих, отслужил владыка Антоний, митрополит Черниговский и Нежинский.
Наконец, 1 апреля 1999 года произошло долгожданное событие, великой радостью отозвавшееся в сердцах Елецких насельниц и всех православных христиан Чернигова. Чудотворная Елецкая икона Пресвятой Богородицы, которая долгое время находилась в Черниговском историческом музее, возвращена в родную обитель.
Тихо протекает жизнь иноческой обители, будни которой растворяются в постоянном труде и молитве. В праздничные дни духовную радость боголю-бивых сердец насельниц святой обители Елецкой разделяют все, спешащие сюда "едиными усты и единым сердцем" исповедовать в Троице славимого Бога. Черниговский Свято-Успенский Елецкий монастырь милостью Божией продолжает возрождаться, неуклонно стремясь к былой славе и процветанию.