В 1997 году в Петро-Павловском храме, рядом с иконой Елецкой Богоматери, был помещен ковчежец с частицами мощей угодников Божиих: святителя Феодосия (Углицкого), преподобного Лаврентия (Проскуры) и святителя Димитрия (Туптало).
Интересна судьба частицы мощей св. Димитрия Ростовского. Святыня была испрошена для Елецкой обители у Ярославского архиепископа в 1893 году Преосвященным Сергием (Соколовым), епископом Черниговским и Нежинским. Святые мощи хранились в чеканном изображении правой руки св. Димитрия, сделанном из серебра, помещенном внутри бронзового ковчега художественной работы, принесенного в дар Елецкой обители И.С. Листовским. Возле бронзового ковчега была прикреплена фарфоровая дощечка в металлической посеребрянной рамке с надписью:
"Частица мощей св. Димитрия от длани десныя руки, оторванной гробовою крышкою его при открытии мощей его митрополитом Арсением Мацеевичём 1752 года 21 сентября, отделенная от длани, хранящейся в ризнице монастыря в серебряном ковчежце, мною лично церковным копием. В чем удостоверяю настоятель Амфилохий, епископ Угличский своею рукою, с приложением монастырской печати. 9 февраля 1893 года. Амфилохий, епископ Угличский". После закрытия монастыря святыня исчезла. 3 октября 1997 года, накануне празднования обретения мощей св. Димитрия, в Елецкую обитель была возвращена часть мощей Российского Златоуста. Из приложенного к ковчежцу свидетельства известно, у кого сохранялась святыня все эти годы. "Протоиерей о. Иосиф Молчанов был ключарем Спасо-Преображенского собора в г. Чернигове при епископе Василии и епископе Пахомии. Впоследствии Молчанов был епископом в Чернигове с именем Иувеналий, при нем был закрыт Елецкий монастырь. Умер епископ Иувеналий в 1924 году. Перед смертью его напутствовал священник о. Иоанн Смоличев, и владыка передал ему святыню, хранившуюся в храме Елецкого монастыря в серебряном ковчежце, а именно - кость от руки св. Димитрия Ростовского, взятую им при закрытии монастыря. Священник о. Иоанн Смоличев был сослан, мощи остались у его жены Александры Федоровны Смоличевой, урожденной Сахаровой, а впоследствии монахини Агнии. После ссылки мужа, о. Иоанна, чувствуя, что и она может подвергнуться такой же участи, Александра Федоровна передала святыню Алексею Павловичу Флерову и его супруге - Анне Петровне, впоследствии монахине Евпраксии, после смерти которых (1954 и 1955 гг.) святыня продолжала храниться в семье А.П. Флерова
М.А. Флерова, старшая дочь Алексея Павловича Флерова".
После смерти М.А. Флеровой святыня перешла к ее брату Павлу Алексеевичу Флерову и хранилась в ею семье. После смерти Флерова его жена Вера Аркадьевна решила передать частицы мощей Димитрия Ростовского в Елецкий, Густинский монастыри и в храм Архистратига Михаила с. Полонки Прилукского района Черниговской области.
В ноябре 1998 года епископ Алипий (Погребняк) передал в Елецкий монастырь ковчег с частичками мощей многих святых, подаренный обители схиархимандритом Серафимом (Липецкая обл.).
На территории Елецкого монастыря похоронено очень много людей - исторических и общественных деятелей, подвижников благочестия и угодников Божиих. Имена некоторых из них нам известны, прочих же Бог весть. В Успенском соборе хоронили, как правило, Черниговских князей, настоятелей обители, ктиторов, представителей казацкой старшины, других выдающихся лиц. При проведении восстановительных работ архимандрит Иоанникий Голятовский обнаружил несколько захоронений в гробах, изготовленных из дорогого красного камня. Под Елецким храмом Успения похоронен Трубчевский князь Всеволод Святославич, сын Черниговского князя Святослава Ольговича, воспетый в "Слове о полку Игореве". Под настоятельским местом погребен сам архимандрит Иоанникий. Возле правого столпа в средней части Успенского храма покоится прах Андрея Степановича Милорадовича, генерал-поручика Черниговского наместничества. Левее его могилы погребен епископ Феофилакт Праведников, первый викарий Черниговской епархии, настоятель Елецкой обители. С правой стороны входной главной арки, ведущей из притвора в храм Успения, похоронен ктитор Елецкой обители генеральный обозный Василий Дунин-Борковский.
Через 15 лет после его смерти был сделан надгробок с надписью:
Блаженныя памяти благородного его милости
Пана Василия Борковского Лунина, Его Царского
Пресветлого Величества Войск Запорозких обозного
Енералъного Року Господня 1717 месяца генваря 9 написанный
В год Господен тисящный и седмсотной вторий
От временной сей жизни в небесная двори Марта дня четвертого духом преселися, А зде в храме Успенском телом положися Пан Василий Борковский от Дунинов дому, Лет шестьдесят два пожив не себе самому, Но Богу, царем и всей Российской отчизна Верный был сын и слуга в весь век своей жизни,
Годов пятнадесят полк Чернеговский правил,
Посем Бога енералъним обозним прославил,
Лет шестънадесят славно пребыл на той чести
Всегда царем и вождам служаше без лести
Первый бе по гетману праведно славимый Всим бо бяше любезен делами своими Церкви и обители усердно любляше, Благолепие оных везде разгиераше.
Церков соборна чрез брань бяше опустела, Его тщанием вскоре сотворися цела, Своим ю имением претвори на нову В честь преобразившуся Христу Богу Слову. Его тщания дело и храм Воскресенский Каменный, его память храм Благовещенский,
Их же создав, украси иконами зело, Чая себе от Бога мзды за сие дело,
Он от основания девичу обитель Воздвиже и быстъ оной прещедрый кормитель.
Он святых страстотерпец олтар по-премногу
дражайшими сосуды украси в честь Богу.
Сия такожде церков Елецка названа, Оным отновися и трапеза созданна, И келий каменной инная многа Чрез него имать сия обитель убога,
Он даде иконостас, фелоны, сосуды Сребрание, его то оклад, кошт и труды. Много добра духовным и мирским творяше, Всех любя и сам от всех зело любим бяше. Бог благослови его в наследии рода,
Да не останет древо добрее без плода,
Авох сынов в старости даде и остави,
Да будуть наследнщы родительской славы,
Сам от временной к вечной жизни преложися
И на сем святом месте телом положися.
Проводи его семо Иоанн реченний, Пастир Чернеговский и весь чин освященный,
Погребен в храме, в нем же Пречистая Аева Славится успением и по смерти жива.
И Василий Борковский да живет во веки
С Богородицею и со ангельскими лики, Молить усердно мимо гроб его ходящих, Молитеся, людие, о мне Христу Богу,
Да получу от него милость в небе многу Аминь, аминь, аминь.
К сожалению, после революции надгробок был разрушен.
В Успенском соборе погребены архимандриты-настоятели Елецкого монастыря: Исаакий Васенкевич, Тимофей Максимович, Сильвестр Новопольский, Игнатий Максимович, Феофан Романовский. В храме святого апостола Иакова, вблизи алтаря слева, были похоронены знаменитый Черниговский полковник Иаков Лизогуб и сын его Евфимий, а также настоятель Елецкого монастыря епископ Новгород-Северский Нестор Фомин. В Петро-Павловской церкви похоронен епископ Новгород-Северский Филипп Бекаревич.
В 1978 году во время земляных работ западнее Успенского собора был найден каменный склеп, в котором обнаружено захоронение Переяславского полковника Леонтия Полуботка, отца знаменитого наказного гетмана Украины - Павла Полуботка. Это доказывает надпись на гравированном серебряном кресте (12,5 х 10 см), который был прикреплен к верхней доске гроба24. Теперь находка экспонируется в одном из выставочных залов Коллегиума.